More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5078 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 305 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  64.9 
 
 		 301 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  62.91 
 
 		 312 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  64.03 
 
 		 313 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 312 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 317 aa  362  6e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 313 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 313 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  41 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 555 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.11 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 303 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  36.72 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  35.25 
 
 		 298 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 327 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>