More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3714 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 
305 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 
303 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  63.42 
 
 
303 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  62.75 
 
 
303 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  62.42 
 
 
303 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  62.08 
 
 
303 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 
303 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
306 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2140  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 
304 aa  279  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393768  normal  0.0508392 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  48.48 
 
 
312 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
312 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
306 aa  276  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
312 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
312 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
306 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
306 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2370  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0480088  normal  0.369586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
303 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
312 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 
297 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
317 aa  191  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  42.23 
 
 
301 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
313 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
304 aa  188  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2983  transcriptional regulator PtxR  39.67 
 
 
312 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
305 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35380  transcriptional regulator PtxR  40.33 
 
 
312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0437689  normal  0.0554057 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
313 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
313 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  38.49 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.8 
 
 
290 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
316 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 
335 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  35.74 
 
 
309 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
300 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
298 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  169  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 
298 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
297 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
300 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
295 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  36.39 
 
 
304 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
307 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  36.05 
 
 
304 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 
297 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
296 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
299 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  35.37 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.3 
 
 
307 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
289 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  35.71 
 
 
304 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  35.37 
 
 
304 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.59 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  36 
 
 
290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
304 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 
299 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  38 
 
 
302 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.53 
 
 
300 aa  162  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
296 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
298 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
315 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
313 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
302 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
304 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
298 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
298 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
298 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  35.37 
 
 
304 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
304 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
300 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.93 
 
 
302 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
304 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.69 
 
 
289 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  36.36 
 
 
302 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>