More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0944 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  590  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 303 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 306 aa  316  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 306 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 312 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 312 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  53.33 
 
 		 312 aa  308  5e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 312 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2140  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393768  normal  0.0508392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2370  transcriptional regulator, LysR family  52.72 
 
 		 298 aa  281  7.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0480088  normal  0.369586 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 303 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 306 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.53 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  35.59 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  35.46 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.14 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  35.46 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.68 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  35.11 
 
 		 304 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2983  transcriptional regulator PtxR  35.15 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  34.75 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 399 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.8 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35380  transcriptional regulator PtxR  35.49 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0437689  normal  0.0554057 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 325 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  34.4 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 290 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>