More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3117 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  99.34 
 
 		 303 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  98.02 
 
 		 303 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 303 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  98.01 
 
 		 303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  54.82 
 
 		 305 aa  325  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 293 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2140  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393768  normal  0.0508392 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  45.12 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 312 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 312 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 312 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 306 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 306 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2370  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0480088  normal  0.369586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.41 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  35.67 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 317 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 335 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2983  transcriptional regulator PtxR  36.3 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.65 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35380  transcriptional regulator PtxR  36.3 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0437689  normal  0.0554057 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 292 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 315 aa  158  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.64 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  33.69 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>