More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0474 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  596  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  71.97 
 
 		 292 aa  441  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  67.36 
 
 		 291 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  66.67 
 
 		 289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 291 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 291 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 293 aa  374  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 290 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  57.96 
 
 		 228 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.48 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.64 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.54 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  38.44 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 289 aa  191  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 343 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  37.37 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.13 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 325 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.02 
 
 		 309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  37.69 
 
 		 298 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.86 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.64 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  37.88 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.95 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  37.98 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>