More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4821 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05463  transcription regulator protein  85.57 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163697 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3823  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.83 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.750812  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.98 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  39.32 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 312 aa  208  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 322 aa  205  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5420  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 324 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 324 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 324 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 325 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  198  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 336 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 322 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  38.8 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 291 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4348  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.311004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5983  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.231961  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0278  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.277872  hitchhiker  0.00340207 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0297  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 325 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2809  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 325 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>