More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8248 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
302 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
302 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
297 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  52.92 
 
 
297 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 
314 aa  304  9.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 
307 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
303 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 
302 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 
302 aa  293  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.18 
 
 
301 aa  292  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  51.18 
 
 
301 aa  292  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
301 aa  292  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
312 aa  291  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  46.8 
 
 
301 aa  289  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
303 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  51.05 
 
 
305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 
303 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 
303 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 
305 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 
300 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 
308 aa  276  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
305 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.51 
 
 
315 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
313 aa  269  4e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 
305 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 
305 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 
303 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
305 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 
305 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 
305 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
307 aa  262  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
312 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
322 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 
329 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 
311 aa  258  6e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
330 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
330 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
323 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
325 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
317 aa  256  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 
322 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
324 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
324 aa  255  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
324 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
324 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 
324 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3137  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 
319 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00811136  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
325 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
303 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 
303 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 
303 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
303 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
303 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 
325 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  44.19 
 
 
337 aa  248  6e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  44.19 
 
 
337 aa  248  6e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
301 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 
330 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
309 aa  241  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
305 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 
300 aa  234  9e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 
309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3004  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.78 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 
300 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 
300 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
301 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
300 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
309 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
302 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
311 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
310 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 
304 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  42.95 
 
 
311 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  41.5 
 
 
329 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05463  transcription regulator protein  41.95 
 
 
305 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.163697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
314 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2006  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>