More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2605 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  614  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  76 
 
 		 300 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  76 
 
 		 300 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  76.33 
 
 		 300 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  75.33 
 
 		 300 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2001  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 300 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0200858  normal  0.0149686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 311 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  57.72 
 
 		 311 aa  346  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  47.64 
 
 		 317 aa  258  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  47.46 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  47.46 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 309 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  41.33 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.24 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.72 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  42.72 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 303 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 309 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  43.15 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  43.32 
 
 		 329 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 312 aa  222  7e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 322 aa  221  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 324 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 329 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 301 aa  217  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 330 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 330 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 321 aa  215  7e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  208  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5119  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>