More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5249 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  98.02 
 
 		 303 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  96.37 
 
 		 303 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 314 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 312 aa  332  4e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 302 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 302 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 297 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 309 aa  326  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 305 aa  324  9e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  53.67 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  54.36 
 
 		 297 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 307 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 312 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 313 aa  308  5e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 305 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 307 aa  306  3e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 302 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 302 aa  305  6e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 305 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 305 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  48.84 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.84 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  52.17 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 305 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 305 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 305 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 305 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 303 aa  286  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  46.46 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3137  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 319 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00811136  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  46.8 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3004  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.51 
 
 		 319 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.05 
 
 		 315 aa  245  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 317 aa  238  9e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 317 aa  235  9e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  41.95 
 
 		 329 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 309 aa  228  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 329 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 330 aa  226  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 325 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 324 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 325 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  43.19 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5119  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 325 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 323 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 323 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5420  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>