More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3137 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3137  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00811136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3004  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  82.33 
 
 		 319 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 314 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 312 aa  309  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 302 aa  298  6e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 302 aa  291  7e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 309 aa  289  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  51.53 
 
 		 297 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 307 aa  280  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 300 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 301 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  48.99 
 
 		 301 aa  275  7e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.99 
 
 		 301 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  46.67 
 
 		 301 aa  272  7e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 305 aa  269  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 305 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 322 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 312 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.43 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 317 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 325 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 336 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  40.19 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  40.19 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 324 aa  208  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 324 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 330 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 330 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 309 aa  205  9e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 323 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 323 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  39.62 
 
 		 329 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5119  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  40.42 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 309 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>