More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1392 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 312 aa  294  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  53.87 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 291 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 290 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 291 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  40.21 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 343 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 291 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  39.16 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  40 
 
 		 337 aa  195  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  40 
 
 		 337 aa  195  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.59 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 335 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.07 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.62 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 318 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  168  9e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  34.12 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.29 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 399 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  40.47 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.24 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 322 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.12 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>