More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4725 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  98.23 
 
 		 228 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  71.13 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  68.75 
 
 		 291 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  66.9 
 
 		 289 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  64.95 
 
 		 291 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  374  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 291 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 290 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  41.92 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 312 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.33 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 302 aa  178  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.01 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.15 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 312 aa  175  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.88 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.76 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  36.86 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4808  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123688  hitchhiker  0.000340462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  36.11 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.31 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  34.24 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>