More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5499 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  83.99 
 
 		 323 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  78.33 
 
 		 316 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 303 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 303 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 303 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 304 aa  265  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 301 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 301 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 301 aa  262  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 301 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 301 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.61 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.87 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.75 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 328 aa  176  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.29 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 327 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 340 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 325 aa  168  9e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.24 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  33.12 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 320 aa  165  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 362 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>