More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4728 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  566  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5287  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308394  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 306 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 306 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.32 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 349 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 349 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 290 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  26.07 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.3 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2226  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.359853  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 311 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 295 aa  95.5  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 334 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 303 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  89.7  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.79 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.13 
 
 		 289 aa  89  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 319 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 294 aa  88.6  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 322 aa  88.2  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 286 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 283 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.83 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 316 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 288 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 301 aa  85.5  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 298 aa  85.5  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 293 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 283 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 306 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>