More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5287 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5287  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  553  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308394  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 283 aa  228  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.62 
 
 		 281 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 332 aa  99.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2226  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.359853  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  95.5  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 291 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 318 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 294 aa  94  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 319 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 323 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 319 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.18 
 
 		 302 aa  92  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 305 aa  92  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  91.3  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 339 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 313 aa  89  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 284 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 298 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 298 aa  85.9  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 313 aa  85.9  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  34.76 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.64 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  82  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.4 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  35.67 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  33.93 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  21.33 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>