More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1617 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  80.29 
 
 		 284 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.5 
 
 		 281 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2226  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.359853  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.69 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  32.79 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0306  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.05 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 290 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 349 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  38.92 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 349 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  31.71 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 317 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  92.4  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 289 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  hitchhiker  0.00259911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0403  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 289 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  26.6 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 339 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  38.92 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 293 aa  89  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 303 aa  89  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  27.74 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 283 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  31.96 
 
 		 280 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.95 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>