More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2903 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  87.15 
 
 		 295 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 290 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 290 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  71.72 
 
 		 349 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 349 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 304 aa  363  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  61.54 
 
 		 295 aa  351  8e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 298 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  45.17 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  44.44 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  35.25 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  31.77 
 
 		 334 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  32.08 
 
 		 328 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 286 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 299 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.07 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 316 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.56 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  27.64 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  28.04 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 329 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 289 aa  96.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.87 
 
 		 315 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 283 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 306 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  25.36 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 314 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 310 aa  92.4  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  28.52 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.06 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 306 aa  89  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>