More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0840 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  34.69 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.93 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  29.01 
 
 		 334 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  28.67 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 332 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  30.96 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  26.52 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.28 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0043  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.41 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  26.32 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 295 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.7 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 290 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 316 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>