More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2706 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2706  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2583  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.672068  normal  0.0132829 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  29.31 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  29.93 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 291 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 334 aa  95.5  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.39 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  27.47 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 318 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 286 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 284 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 307 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 332 aa  92  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0572  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2045  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.56 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 298 aa  89.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 322 aa  89.4  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 337 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 307 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0576  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.268348 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 283 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 347 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0364  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 311 aa  86.7  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0771  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  30.74 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>