More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3855 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  715    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2810  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 209 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.45 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 296 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 307 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  31.77 
 
 		 296 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 296 aa  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 306 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 294 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  27.4 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 301 aa  110  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 301 aa  110  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 287 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  29.11 
 
 		 293 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 294 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  29.02 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 301 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 325 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 303 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 322 aa  106  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  29.25 
 
 		 298 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  27.87 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 304 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.14 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 291 aa  99.8  6e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 307 aa  99.4  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 295 aa  99.4  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 319 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>