More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2966 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  622  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.85 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.87 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.79 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  35.17 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3369  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 555 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  35.05 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  35.66 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>