More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0058 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  73.38 
 
 		 295 aa  478  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  74.06 
 
 		 295 aa  475  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0882  HTH-type transcriptional activator, LysR-family  61.25 
 
 		 290 aa  394  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.070631  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  168  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 335 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.14 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.4 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 302 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.11 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 329 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.19 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 344 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  29.35 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 329 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 329 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 329 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  30.1 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  30.03 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 320 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 304 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>