More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2674 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  81.1 
 
 		 299 aa  501  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 307 aa  394  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.88 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 295 aa  188  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 351 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  33.1 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 367 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.76 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 349 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 367 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 362 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 399 aa  177  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>