More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1715 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  634    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4808  LysR family transcriptional regulator  67.85 
 
 		 312 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123688  hitchhiker  0.000340462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  57.32 
 
 		 322 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  52.6 
 
 		 307 aa  315  7e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  42.4 
 
 		 292 aa  196  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  41.05 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 303 aa  159  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  29.58 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  29.58 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.44 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 228 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  30.41 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.8 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  29.25 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3011  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>