More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3007 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 298 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 300 aa  441  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  69.93 
 
 		 299 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 299 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 299 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 299 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 299 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  67.23 
 
 		 299 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 299 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 299 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 299 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 300 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  33.45 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  32.63 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 291 aa  152  8.999999999999999e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  32.16 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 325 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  30.82 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 340 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.59 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 334 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>