More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4517 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  34.97 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  33.45 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  33.1 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  34.33 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 338 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2521  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26667  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 341 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 322 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 334 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>