More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1028 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  63.09 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  63.42 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  55.7 
 
 		 299 aa  352  4e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  33.56 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  31.93 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  31.27 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  32.75 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2071  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.152611  normal  0.829047 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 430 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.12 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4012  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4354  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294193  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>