More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1855 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  616  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 297 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 300 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 299 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  62.75 
 
 		 299 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 299 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 299 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 300 aa  352  4e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  31.71 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  29.47 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  30.31 
 
 		 314 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 312 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 343 aa  132  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  29.93 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  31.82 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  28.72 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.85 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.86 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>