More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2769 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  94.3 
 
 		 299 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  94.63 
 
 		 299 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  94.3 
 
 		 299 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  94.63 
 
 		 299 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  94.97 
 
 		 299 aa  554  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  94.31 
 
 		 299 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  94.31 
 
 		 299 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  94.31 
 
 		 299 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 300 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 298 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 297 aa  409  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  63.42 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  61.41 
 
 		 299 aa  391  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  30.69 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  32.75 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.53 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.8 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 323 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 323 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  29.41 
 
 		 323 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 313 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  30.14 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.75 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  32.51 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  32.06 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>