More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1178 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  615  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  72.48 
 
 		 298 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  73.15 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  73.91 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 299 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 297 aa  441  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  73.24 
 
 		 299 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  73.24 
 
 		 299 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  64.77 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  31.23 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.16 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  33.69 
 
 		 291 aa  158  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  32.4 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 325 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1294  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0333  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>