More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0451 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  637    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 309 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  73.29 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  72.31 
 
 		 317 aa  481  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  72.31 
 
 		 317 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  71.9 
 
 		 310 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  71.99 
 
 		 317 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 311 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  72.22 
 
 		 312 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  66.88 
 
 		 313 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 353 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 355 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.52 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.49 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  32.64 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.34 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.06 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 367 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 349 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>