More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4520 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 309 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 314 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 314 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 314 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  71.01 
 
 		 314 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 310 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  70.36 
 
 		 317 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  70.36 
 
 		 317 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 311 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 317 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  66.01 
 
 		 312 aa  448  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.46 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.07 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 353 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.71 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  33.68 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 399 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 351 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.86 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>