More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3921 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  618  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  72.48 
 
 		 300 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  69.93 
 
 		 299 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  68.79 
 
 		 299 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 299 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 299 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 299 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  69.8 
 
 		 299 aa  418  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 299 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 299 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1106  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 299 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1172  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 299 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1028  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 300 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.88 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  32.06 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  30.31 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.07 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  29.07 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 334 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 338 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  30.25 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0333  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  30.22 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.71 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>