More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3426 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  98.66 
 
 		 299 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  97.66 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  93.65 
 
 		 299 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0333  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  36.81 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  35.57 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3325  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 291 aa  149  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1001  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 316 aa  148  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3130  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.171352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  31.83 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  32.53 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  31.82 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  32.01 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.42 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3149  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  32.3 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1220  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.482697  normal  0.0451908 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3294  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.132651  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  32.51 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3151  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00557033  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  30.03 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>