More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4808 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4808  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123688  hitchhiker  0.000340462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  69.13 
 
 
321 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  51.41 
 
 
322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  49.17 
 
 
307 aa  295  5e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 
291 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
291 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  38.11 
 
 
289 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  40.14 
 
 
292 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
293 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
294 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
303 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
304 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
294 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
297 aa  136  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.28 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.64 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
313 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
301 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 
343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  36.4 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  27.15 
 
 
291 aa  129  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  27.56 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.47 
 
 
298 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
306 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  27.56 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  31.68 
 
 
310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  29.75 
 
 
298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
555 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
324 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
310 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
296 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
319 aa  125  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 
310 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
296 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.68 
 
 
299 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
299 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 
304 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.18 
 
 
302 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
316 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2402  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
372 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
297 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.86 
 
 
293 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
301 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
307 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
325 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
312 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
308 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
314 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  28.47 
 
 
328 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
304 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 
310 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
333 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  29.83 
 
 
309 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
304 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
301 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
297 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
300 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
299 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
294 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  32.87 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.82 
 
 
315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.03 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.32 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
353 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>