More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0307 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  634    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 312 aa  328  6e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  58.82 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  38.7 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  39.24 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.24 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 316 aa  169  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 343 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  30.55 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  37.19 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.02 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  32.16 
 
 		 301 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 431 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 430 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.32 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0297  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 325 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2809  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 325 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 349 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  31.69 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 349 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  37.24 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  39.27 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0278  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.277872  hitchhiker  0.00340207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>