More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1421 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  648    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  98.44 
 
 		 322 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  85.67 
 
 		 318 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2498  transcription regulator protein  47.62 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5571  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.03 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0922437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2358  transcriptional regulator, LysR family  47.59 
 
 		 302 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.10773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2761  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.434624 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5571  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5199  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.44 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.505571  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3640  LysR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 288 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4494  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.837164  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  29.37 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  34.35 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  28.87 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 316 aa  148  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.12 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.96 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2204  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0659043  normal  0.113765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 399 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.74 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 342 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>