More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3640 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3640  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5571  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.69 
 
 		 326 aa  474  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0922437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2358  transcriptional regulator, LysR family  51.6 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.10773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2761  transcriptional regulator, LysR family  51.6 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.434624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2498  transcription regulator protein  50.89 
 
 		 308 aa  262  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5571  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5199  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.42 
 
 		 312 aa  232  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.505571  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  44.69 
 
 		 322 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  44.69 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  45.05 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4494  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.28 
 
 		 316 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.837164  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 301 aa  138  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5387  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.444509 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4899  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.988384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3467  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0810  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.735015  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.96 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  27.34 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  29.14 
 
 		 312 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 311 aa  129  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>