More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2498 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2498  transcription regulator protein  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2761  transcriptional regulator, LysR family  87.71 
 
 		 302 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.434624 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2358  transcriptional regulator, LysR family  88.29 
 
 		 302 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.10773 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5571  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 332 aa  321  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5199  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50 
 
 		 312 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.505571  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5571  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.22 
 
 		 326 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0922437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 321 aa  269  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  47.28 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  46.45 
 
 		 318 aa  265  7e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3640  LysR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 288 aa  262  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4494  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.79 
 
 		 316 aa  255  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.837164  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 296 aa  158  9e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  155  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  31.76 
 
 		 312 aa  146  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.75 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001369  putative transcriptional regulator LysR family protein  31.51 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.388836  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7497  transcriptional regulator LysR family  31.6 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185509  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 399 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5387  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.444509 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4899  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.988384 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3467  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>