More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001369 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001369  putative transcriptional regulator LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.388836  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06019  transcriptional regulator  67.8 
 
 		 302 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0337  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 300 aa  295  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3348  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4377  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.394868 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5387  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.444509 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4899  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.988384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3467  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0810  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.735015  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.93 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2498  transcription regulator protein  31.51 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 321 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.62 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 359 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 359 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3130  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.171352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  29.01 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 338 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5571  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.88 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0922437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  28.67 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.42 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3325  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  30.99 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 344 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.62 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  30.24 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2358  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.10773 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  28.91 
 
 		 309 aa  126  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2761  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.434624 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 362 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>