More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7497 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7497  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 296 aa  615  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  34.59 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0265  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.42 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 297 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.08 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 340 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.76 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0677  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>