More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2116 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  626  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  69.46 
 
 		 300 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 302 aa  364  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 302 aa  358  4e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.53 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 297 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 297 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 300 aa  202  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.21 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.05 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.91 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 342 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 342 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 328 aa  192  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 322 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 317 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.55 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.2 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>