More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5571 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5571  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5199  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.64 
 
 		 312 aa  521  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.505571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2498  transcription regulator protein  54.05 
 
 		 308 aa  321  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4494  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.74 
 
 		 316 aa  309  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.837164  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2358  transcriptional regulator, LysR family  52.58 
 
 		 302 aa  309  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.10773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2761  transcriptional regulator, LysR family  52.58 
 
 		 302 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.434624 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5571  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.73 
 
 		 326 aa  263  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0922437  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  41.58 
 
 		 318 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3640  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 288 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.36 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 301 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4899  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.988384 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5387  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.444509 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3467  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  32.39 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.96 
 
 		 302 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 399 aa  149  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.82 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 319 aa  146  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 298 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  146  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.36 
 
 		 305 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0810  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.735015  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 328 aa  139  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 300 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 312 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>