More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0547 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 303 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  90.76 
 
 		 303 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 303 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  82.78 
 
 		 303 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  83.77 
 
 		 303 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  83.44 
 
 		 303 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  81.46 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 303 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  34.92 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 291 aa  188  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 315 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.38 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  33.45 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  30.8 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.49 
 
 		 313 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  36.11 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.13 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 319 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  31.99 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.1 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>