More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2963 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 303 aa  627  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  90.76 
 
 		 303 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 303 aa  543  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  83.44 
 
 		 303 aa  541  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 303 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  82.78 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  83.11 
 
 		 303 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  83.44 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  82.78 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  82.78 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 303 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  83.11 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  78.81 
 
 		 303 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 328 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.76 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  35.25 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  37.15 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.47 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 319 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.77 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  178  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.33 
 
 		 293 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.79 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  32.89 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  35.03 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 290 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>