More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3502 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  712    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  87.58 
 
 		 337 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  86.18 
 
 		 337 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 		 337 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 333 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  79.19 
 
 		 325 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  77.18 
 
 		 320 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  45.05 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  44.22 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03833  putative transcriptional regulator, LysR family protein  42.7 
 
 		 274 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00464447  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.88 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.03 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  35.29 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.88 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 313 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 295 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.65 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 305 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.08 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.67 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.72 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.58 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 359 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>