More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0261 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  651    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  91.64 
 
 		 314 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  89.11 
 
 		 314 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.92 
 
 		 314 aa  558  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  86.14 
 
 		 303 aa  559  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.47 
 
 		 308 aa  541  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.29 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.29 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.29 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.29 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.29 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.03 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  79.87 
 
 		 303 aa  527  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  80.71 
 
 		 309 aa  529  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  79.87 
 
 		 303 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  79.87 
 
 		 303 aa  527  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.34 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  35.99 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 342 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  33.89 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.09 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  31.19 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.54 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>