More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2198 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  614  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  46 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  45 
 
 		 296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 325 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4580  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 337 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 333 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 342 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 337 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  37.92 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.9 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.37 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 326 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.16 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.08 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  33.56 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  34.08 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>