More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2512 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  619  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  51.14 
 
 		 307 aa  329  4e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 319 aa  308  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 301 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 308 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 308 aa  292  6e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 308 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 307 aa  269  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  39.66 
 
 		 302 aa  259  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  41.81 
 
 		 311 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 323 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  245  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.55 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 304 aa  238  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 310 aa  238  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 304 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 324 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  38.51 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  36.3 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.18 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 321 aa  223  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 354 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 331 aa  205  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 327 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  185  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  31.97 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 211 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 308 aa  171  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>