More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2076 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  95.79 
 
 		 309 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  95.77 
 
 		 307 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  82.53 
 
 		 296 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  68.94 
 
 		 296 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 296 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 307 aa  387  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  64.67 
 
 		 319 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.48 
 
 		 311 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  58.59 
 
 		 321 aa  337  9.999999999999999e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 304 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 306 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  52.53 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.19 
 
 		 307 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 307 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 309 aa  279  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 299 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 310 aa  245  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  39.87 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  39.41 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.31 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 331 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  38.24 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  35.86 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 324 aa  195  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  35.52 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 327 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  37.67 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.34 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 327 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>